Kharkhorin (dénommée anciennement Karakorum) est l'ancienne capitale de l'Empire Mongol, fondée en 1235 par Ogödei, le fils de Gengis Khan.
La ville aurait pris l’étymologie de son nom, du mot mongol (Хар Хүрэм) signifiant « le Rocher Noir ». Cela proviendrait de la particularité de cette région de la vallée du fleuve Orkhon classée en patrimoine culturel de l’humanité par l’Unesco en 2004, qui est riche en basaltes volcaniques de couleur foncée.
Son toponyme est donc à ne pas confondre avec “Karakoram” – massif montagneux étant situé au nord du Pakistan.
Dès 1260, Kubilai Khan transfèrera la capitale à Pekin. Karakorum sera détruite en 1388 par les troupes de la dynastie Ming. De sa splendeur passée ne restent que les statues de tortues qui gardaient les entrées des murailles de la ville.
En 1585, le monastère d'Erdene Zuu sera construit juste à l'extérieur de l'enceinte des ruines de l'ancienne capitale. après l'introduction du bouddhisme en Mongolie comme religion d'État. Les pierres des ruines de Karakorum ont été utilisées dans la construction. Il est entouré d'un mur présentant 108 stupas, 108 est un nombre sacré dans le bouddhisme, et le nombre de perles dans un rosaire (mala) bouddhiste.
Le monastère a été endommagé dans les années 1680, mais a été reconstruit au XVIIIe siècle et en 1872.
Durant des siècles, Erdene Zuu fut le sanctuaire religieux le plus important de Mongolie.
En 1939 le dirigeant communiste Horloogiyn Choybalsan a détruit le monastère, lors d'une purge qui a entraîné la disparition de centaines de monastères en Mongolie et la mort de plus de dix mille moines. Trois petits temples et le mur externe avec les stupas sont restés ; les temples sont devenus des musées en 1947.
Après la chute du communisme en Mongolie en 1990, le monastère a été remis aux lamas et Erdene Zuu est redevenu un lieu de culte. Le site a été restauré à la fin du siècle et a retrouvé en partie son aspect religieux. Aujourd'hui Erdene Zuu reste un monastère bouddhiste actif de même qu'un musée qui est ouverts aux touristes.
